ABSTRACT
We conducted the genome sequencing and analysis of the first confirmed COVID-19 infections in Brazil. Rapid sequencing coupled with phylogenetic analyses in the context of travel history corroborate multiple independent importations from Italy and local spread during the initial stage of COVID-19 transmission in Brazil. (AU)
Subject(s)
Brazil , Public Health Surveillance , SARS-CoV-2 , COVID-19 , COVID-19/transmissionABSTRACT
In São Paulo the mumps virus (MuV) outbreaks have been increasing from In São Paulo the mumps virus (MuV) outbreaks have been increasing from 2011 to nowadays. MuV epidemiological surveillance has been improving by using the polymerase chain reaction in real time (rRT-PCR) in addition to the specific IgM antibody (IgM-Ab) detection; in some cases,genome sequencing studies were performed. Increased virus transmission and recent outbreakshave raised interest on MuV genotyping, as a means to understand the transmission pathways andto identify the vaccine-associated cases. From January 2011 to August 2016, MuV infection was analyzed at Institute Adolfo Lutz. A total of 232 (77.33 %) throat wash samples showed positivity to mumps genome, and 68 (22.66 %) were negative when analyzed by rRT-PCR. Among 15 samples for molecular analysis, 10 serum samples from respective patients were also available for detecting anti-MuV IgM-Ab; and from these, four (40%) samples were seropositive. Vaccination statuswas available only for patients from Cedral and Araraquara. Phylogenetic analysis revealed the circulation of the following mumps virus genotypes in the investigated periods: 2011(M), 2012, and 2013 (K); 2014 (N); 2015 (G, K, and N); 2016 (G). Knowledge on MuV molecular epidemiology in São Paulo-Brazil could contribute to the surveillance and epidemiological program in Brazil, and globally as well.
No estado de São Paulo têm ocorrido surtos de caxumba desde 2011. O diagnóstico laboratorialtem sido realizado no Instituto Adolfo Lutz utilizando-se a técnica de identificação de material genético viral por meio de reação de cadeia de polimerase-em tempo real (rRT-PCR) e peladetecção de anticorpos IgM (Ac-IgM) específicos circulantes. Os recentes surtos de caxumbatêm aumentado o interesse em investigar os genótipos dos vírus prevalentes para identificaros casos associadas à vacina. De janeiro de 2011 a agosto de 2016, 300 amostras de lavadosda orofaringe coletadas de pacientes suspeitos de infecção foram analisadas. O material genéticoviral específico foi detectado em 232 (77,33 %) amostras e 68 (22,66 %) foram negativas.Das 10 amostras analisadas pelo teste sorológico, quatro (40 %) demonstraram positividadepara Ac-IgM específicos anti-vírus da caxumba e seis foram negativas. Somente os municípios Cedral e Araraquara forneceram os dados referentes à vacinação. Análise filogenética mostroua circulação dos seguintes genótipos do vírus da caxumba no período investigado: 2011 (M),2012 e 2013 (K); 2014 (N); 2015 (GKN); 2016 (G). A vigilância virológica é mundialmente imprescindível, para identificar a diversidade e a distribuição dos diferentes genótipos, com vistasà composição de vacinas específicas.
Subject(s)
Molecular Epidemiology , Genotype , Public Health , Disease Outbreaks , Mumps virusABSTRACT
In São Paulo the mumps virus (MuV) outbreaks have been increasing from 2011 to nowadays. MuV epidemiological surveillance has been improving by using the polymerase chain reaction in real time (rRT-PCR) in addition to the specific IgM antibody (IgM-Ab) detection; in some cases, genome sequencing studies were performed. Increased virus transmission and recent outbreaks have raised interest on MuV genotyping, as a means to understand the transmission pathways and to identify the vaccine-associated cases. From January 2011 to August 2016, MuV infection was analyzed at Institute Adolfo Lutz. A total of 232 (77.33 %) throat wash samples showed positivity to mumps genome, and 68 (22.66 %) were negative when analyzed by rRT-PCR. Among 15 samples for molecular analysis, 10 serum samples from respective patients were also available for detecting anti-MuV IgM-Ab; and from these, four (40%) samples were seropositive. Vaccination status was available only for patients from Cedral and Araraquara. Phylogenetic analysis revealed the circulation of the following mumps virus genotypes in the investigated periods: 2011(M), 2012, and 2013 (K); 2014 (N); 2015 (G, K, and N); 2016 (G). Knowledge on MuV molecular epidemiology in São Paulo-Brazil could contribute to the surveillance and epidemiological program in Brazil, and globally as well.
No estado de São Paulo têm ocorrido surtos de caxumba desde 2011. O diagnóstico laboratorial tem sido realizado no Instituto Adolfo Lutz utilizando-se a técnica de identificação de material genético viral por meio de reação de cadeia de polimerase-em tempo real (rRT-PCR) e pela detecção de anticorpos IgM (Ac-IgM) específicos circulantes. Os recentes surtos de caxumba têm aumentado o interesse em investigar os genótipos dos vírus prevalentes para identificar os casos associadas à vacina. De janeiro de 2011 a agosto de 2016, 300 amostras de lavados da orofaringe coletadas de pacientes suspeitos de infecção foram analisadas. O material genético viral específico foi detectado em 232 (77,33 %) amostras e 68 (22,66 %) foram negativas. Das 10 amostras analisadas pelo teste sorológico, quatro (40 %) demonstraram positividade para Ac-IgM específicos anti-vírus da caxumba e seis foram negativas. Somente os municípios Cedral e Araraquara forneceram os dados referentes à vacinação. Análise filogenética mostrou a circulação dos seguintes genótipos do vírus da caxumba no período investigado: 2011 (M), 2012 e 2013 (K); 2014 (N); 2015 (GKN); 2016 (G). A vigilância virológica é mundialmente imprescindível, para identificar a diversidade e a distribuição dos diferentes genótipos, com vistas à composição de vacinas específicas.